河流健康是维系国家水环境和生态安全的重要组成部分，是国家水环境、水生态保护战略的重要内容，而河流功能健康的根本在于其合理的物质通量。近年来，环境科学与工程学院围绕河流多物质循环及其通量效应，在监测技术和理论创新方面取得了一系列突破性进展。以倪晋仁院士牵头的国家自然科学基金委创新群体项目“河流多物质相互作用及其通量效应”为引领，完成了国内外首次长江、黄河、西南源区等世界性大河及全国地下水的全要素同步监测，获得了大批量的珍贵样品，成为全球河流全物质通量研究的引领者，为实验室的立项建设奠定了坚实的基础。
国家环境保护河流全物质通量重点实验室（State Environmental Protection Key Laboratory of All Material Fluxes in River Ecosystems）将继续积极响应国家生态文明建设、京津冀和大江大河治理的国家重大需求，瞄准河流全物质通量研究的国际前沿，构建从基础研究、技术研发及流域综合治理的研究体系。以河流全物质通量监测体系、河流物质间相互作用机制、河流通量及生态环境效应、污染源控制与流域管理关键技术为研究方向，致力于解决我国流域和河湖水质改善与水生态修复中的关键科学问题。
今后实验室将围绕建设任务积极推进各项工作，为我国的河湖水环境治理提供以通量效应为核心的“机理识别-技术研发-调控对策”全链条解决方案，持续产出具有国际影响力的重要成果，提升北京大学世界一流学科水平与影响力，引领国际大河研究的发展。同时实验室作为开发共享的学术交流与合作平台，以培养创新型骨干人才和青年拔尖人才为己任，力争建成河流全物质通量领域的国际研究平台和人才培养基地。